Mikroba adalah mahluk hidup yang berukuran kecil. Demikian kecilnya, sehingga diperlukan alat bantu untuk mengamatinya. Mikroba memiliki ukuran tubuh bervariasi antara satu hingga sepuluh mikrometer (µm). Mirkoba terdiri dari virus, bakteri, kamir dan jamur. Beberapa penulis menyatakan bahwa nano plankton dan parasit berukuran kecil dimasukkan ke dalam kelompok mikroba.

Virus merupakan mahluk hidup khas, yaitu tidak dapat menjalankan fungsi biologisnya. Oleh karena itu, untuk dapat hidup virus harus barada dalam sel inang. Viru bersifat parasit obligat dan hanya dapat bereproduksi dengan menginvasi dan memanfaatkan sel mahluk hidup.

Bakteri adalah organisme prokariotik yang memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi.   Bakteri bersifat kosmopolitan, artinya tersebar sehingga dapat ditemui di berbagai tempat. Tanah, air, udara dan tubuh mahluk hidup merupakan tempat hidup bakteri. Selain itu, bakteri juga dijumpai hidup di lingkungan ekstrim, seperti laut dalam, kawah gunung merapi, lingkungan dingin, gurun pasir, atau danau garam. Berdasarkan tempat hidupnya, bakteri dapat dikelompokkan berdasarkan suhu lingkungan, kandungan oksigen, media hidupnya, derajat keasaman, metabolit yang dihasilkan dan lain sebagainya. Bakteri dapat berperan sebagai organisme menguntungkan dan merugikan sehingga banyak digunakan dalam bidang perikanan, pangan, obat dan berbagai industri.

Kamir adalah anggota mikroba dengan ukuran 3-4 µm, namun ada yang mencapai hingga 40 µm. Kamir yang terkenal adalah Saccharomyces cerevisiae. Kamir ini telah lama digunakan dalam memproduksi anggur, roti, tape dan bir. Saccharomyces cerevisiae mampu mengkonversi karbohidrat menjadi gula dan alkohol.

Jamur adalah tumbuhan yang tidak memiliki klorofil. Jamur, atau sering juga disebut sebagai cendawan, bersifat heterotrof, sehingga untuk mendapatkan energi dilakukan dengan mengekstrak bahan organik (parasit) dari mahluk lainnya. Ciri khas jamur adalah memiliki benang-benang halus yang disebut hifa. Dalam perkembangannya, hifa akan membentuk struktur anyaman dan disebut sebagai miselium. Jamur memperoleh makanan dengan cara menyerap zat organik dari substrat tempat hidupnya. Dengan demikian, jamur banyak dijumpai hidup sebagai parasit obligat, parasit fakultatif atau saprofit. Beberapa jamur hidup dengan cara bersimbiosis mutualisme, yaitu menyerap makanan dari organisme lain dan menghasilkan zat tertentu yang bermanfaat bagi organisme tersebut.

Dalam dunia perikanan, bakteri dan jamur banyak dibicarakan. Bakteri banyak dibicarakan pada ikan hidup atau masih segar. Adapun jamur banyak diulas berkaitan dengan ikan olahan. Pada ikan hidup, bakteri berkaitan dengan media hidup, penyakit, dan pertumbuhan ikan. Pada ikan mati, bakteri berkaitan dengan penurunan kesegaran dan proses pembusukan, sehingga berkaitan masa simpan ikan.

Jamur banyak dibicarakan berkaitan dengan ikan olahan, baik cara pengolahan maupun masa simpannya. Jamur banyak dikaitkan dengan pengolahan ikan, seperti pada proses pembuatan ikan kayu. Jamur juga berperan dalam proses pembusukan produk olahan ikan.